“诊断、预后标记物模型”，这个大家已经再熟悉不过了，可以说是老少咸宜的思路，但是要把这个玩的高级，玩到14分+的程度，就不再是一件普通的事情了。
小云能发现这篇文章也是机缘巧合，这不，本想给大家推荐Cell旗下14分+新贵期刊，结果看到这篇文章。实际上，《Cell Reports Medicine》为近几年新创刊，且覆盖各个医学学科领域，包括但不限于所有医学领域的转化研究、临床试验，包括长期试验随访以及基因组学工作、生物标志物发现以及有助于诊断、治疗和医疗保健的技术开发。虽然版面费也相对高，需要$5,460，不过看着这个影响因子上，也算值了。有兴趣的粉丝可以关注一下。
回到这篇文章，小云认为它有如下几个优势：
1，靶标分子创新性高。将临床标记物的视角从常规的血清中的因子，进化成为尿液外泌体中的lncRNA，从选题上来说，几层buff加成后，创新点提高不少；
2，自测数据结合公共数据的使用。自测数据以及TCGA/GEO公共数据整合，患者群体更大，且多个数据库的研究结论可以相互验证，更加凸显结果的有效性；
3，干湿结合，结论更可靠。作者进行了测序以及后期模型的验证实验，对于分析质量提高，数据的临床应用价值提升巨大。当然，这篇毕竟是14分+，没点湿实验，也不好拿下来。
综上所述，该文章将一个相对常规的肿瘤标记物研究，通过选题来进行创新，最终成功发表在14+期刊上。ps：预后模型必然需要进行升级，通过选题以及多数据整合挖掘研究，成本低，效率高，且数据集的整合搭配方式多、分析意义更高，对这个方向感兴趣的小伙伴，感兴趣的直接扫码找小云吧！
题目：高级别前列腺癌和进展风险的尿液细胞外囊泡lncRNA标记物研究
杂志：CellRepMed
影响因子：IF=14.3
发表时间：2023年10月公众号回复123领取原文，文献编号：240218
研究背景
前列腺癌特异性抗原（PSA）是广泛使用的生物标志物，然而，PSA在一定浓度范围(2.0–10.0ng/mL)内的特异性较低(25%–40%)，影响临床使用效果。尿细胞外囊泡含有高质量的细胞RNA并且极其稳定，且长非编码RNA(lncRNA)显示出成为诊断标记物的巨大潜力。本研究的目的是探索尿液来源的细胞外囊泡的lncRNA表达谱，以开发一种基于多lncRNA的标记物模型。
数据来源
数据集
数据库
数据类型
样本信息
GSE147761（作者自测）
GEO
尿液外泌体的lncRNA测序
11例PCa患者VS11例对照
GSE100206
GEO
lncRNA测序数据
32例正常血液样本的
TCGA-PCa
TCGA
lncRNA测序数据
52对PCa和正常邻近组织
研究方法
作者收集了11对PCa患者和对照患者的尿液样本，并进行尿液外泌体lncRNA测序，筛选出差异表达lncRNA；同时结合TCGA-PCa数据和GEO中PCa的测序数据，挑选出外周血/癌组织中的差异lncRNA；将上述两类差异lncRNA取交集，初步挑选出6条和疾病相关的尿液外泌体lncRNA，经过qPCR验证，发现5个在前列腺癌组织和前列腺癌尿液外泌体中上调，在癌旁组织中下调，另外1个lncRNA则相反。这些发现表明尿液细胞外囊泡lncRNA水平可以代表癌组织lncRNA水平，并且这6种lncRNA可以用作高级别前列腺癌的诊断标记物。使用LASSO回归确定3个lncRNA，并使用COX回归模型构建lncRNA标记物；经过在2个独立队列中的外部验证，发现3个lncRNA集具有较高的临床诊断价值。
研究结果
1、发现特异性尿液外泌体lncRNA以检测高级别PCa
作者首先对11名高级别前列腺癌患者和11名病例匹配的良性前列腺增生患者的尿液细胞外囊泡进行RNA测序（GEO：GSE147761）；随后分析了TCGA队列中52对PCa和正常邻近组织(NAT)的lncRNA数据；并进一步评估了来自TCGA的499个前列腺癌组织和来自GEO数据集（GEO：GSE100206）的32个正常血液样本的lncRNA谱。通过差异分析，鉴定了1,681个尿液外泌体lncRNA。经过一系列统计过滤，最终初筛出6个lncRNA。可以作为高级PCa潜在的标志物（图1）。
结合数据分析和qRT-PCR实验证明，在这6条lncRNA中，有5个在前列腺癌组织和前列腺癌尿液外泌体中上调，在癌旁组织中下调，另外1个lncRNA则相反（图2）。
2、高级别前列腺癌的尿液诊断模型的构建和验证
为了构建诊断模型，作者从训练队列中招募了139名高级别PCa患者和211名对照受试者。训练组的总阳性率为55.71%。使用LASSO回归筛选出3个lncRNA，并使用逻辑回归模型构建lncRNA标记物模型，用以区分患有高级别PCa的个体和对照。这3条lncRNA组合称为Clnc，其AUC为0.756，可以作为标记物（图3）
Clnc与两种标准RC相结合比单独的PCPT-RC2.0或ERSPC-RC具有更优越的性能（表1）。
3、Clnc（3-lncRNA组合）的预后价值
为了验证Clnc的预后价值，作者前瞻性地招募182名患者，并在活检前收集尿液样本。根据Clnc水平对患者进行高、低风险组分配。发现高风险评分组患者，其疾病进展发生率显着升高。低风险评分患者的2年总进展累积发生率为19.42%，而高风险评分患者的2年累积发生率为38.12%，确认了Clnc的预后价值（图4）。
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